Os Jardins Botânicos tem como propósito, além de outras atividades, o desenvolvimento de Pesquisas em Conservação de Plantas. (RESOLUÇÃO CONAMA 339/2003).
A fim de atender a resolução n° 339/2003 do Conselho Nacional do Meio Ambiente que estabelece diretrizes sobre o enquadramento dos Jardins Botânicos no Brasil, o Jardim Botânico de Jundiaí iniciou trabalhos de pesquisa dentro de seus limites para conhecer sua flora nativa e exótica de plantas arbóreas e ornamentais. Como fruto destes trabalhos estão listadas abaixo as publicações científicas:
63° CNBot. 2012. Acervo arbóreo nativo e exótico do Jardim Botânico de Jundiaí – (JBJ) – SP.
66° CNBot. 2015. Acervo vivo do Jardim Botânico de Jundiaí – SP.
Folder da Coleção de Palmeiras
Folder da Coleção de Plantas Aromáticas e Medicinais
Folder da Coleção de Plantas Ornamentais
Folder da Coleção Serra do Japi
Folder da Coleção de Orquídeas