Com o avanço das pressões antrópicas sobre os ecossistemas naturais, estratégias de conservação são essenciais na busca pela recuperação de espécies. A conservação e reprodução de espécies ex-situ (em ambientes controlados e manejados pelo homem, como o Jardim Botânico) e a marcação de matrizes in-situ (na natureza) para a coleta de sementes são algumas estratégias para a manutenção da flora e para a restauração de áreas degradadas. Coleções de plantas vivas em Jardins Botânicos contribuem para a conservação de populações geneticamente importantes de espécies raras e ameaçadas fora do ambiente natural e podem sustentar programas de recuperação de espécies. O Jardim Botânico de Jundiaí criou um programa de conservação da flora da Mata Atlântica e do Cerrado brasileiros que inclui áreas de um complexo de Unidades de Conservação que representam parte dessas fitofisionomias da região do interior do estado de São Paulo.
Para direcionar o Programa de Conservação do Jardim Botânico de Jundiaí foi publicada na Imprensa oficial do Município de Jundiaí (edição 4333 | 1° de dezembro de 2017) a “Política de Coleções de Plantas Vivas do Jardim Botânico de Jundiaí” – Decreto n°27.173, de 24 de novembro de 2017. A Política de Coleções de Plantas Vivas do Jardim tem por finalidade atuar como ferramenta na promoção da conservação genética de populações da flora através da manutenção de um banco de germoplasma e da reprodução ex-situ das espécies nativas dos domínios Mata Atlântica e Cerrado brasileiros. Na Política de Coleções estão descritas todas as diretrizes para aquisição, manejo e destinação do material botânico do JBJ.
As estratégias do Programa de Conservação do Jardim Botânico de Jundiaí têm por objetivos: aumentar e manter sua coleção de plantas da Mata Atlântica e do Cerrado, contribuindo com a recuperação de populações de espécies nativas e restauração de ecossistemas; e identificar a distribuição de plantas matrizes utilizadas como subsídio para estratégias de conservação ex-situ nesses domínios brasileiros.
A coleção de plantas vivas para conservação contempla espécies com diferentes hábitos, como arbóreo, arbustivo, arborescente, trepadeiras, epifítico e herbáceo; típicas de diferentes estádios sucessionais, abastecendo um acervo que possibilita a contribuição com projetos de restauração de ecossistemas pertencentes aos domínios mencionados; e prioriza espécies raras e ameaçadas desses dois domínios.
As espécies são adquiridas através de expedições em campo realizadas em diversas áreas protegidas do estado de São Paulo, como por exemplo a Reserva Biológica da Serra do Japi, a Área de Relevante Interesse Ecológico Mata de Santa Genebra, a Floresta Nacional de Ipanema, o Complexo de fragmentos de Cerrado do município de Jundiaí e outras Unidades de Conservação.
Em campo são coletados propágulos, diásporos e mudas, e contempladas espécies de diferentes hábitos (como arbóreo, arbustivo, arborescente, trepadeiras, epifítico e herbáceo) e diferentes estádios sucessionais. A manutenção da coleção no interior do Jardim é realizada em três ambientes protegidos, onde os indivíduos são manejados de acordo com o seu estágio de desenvolvimento, até serem destinados ao plantio, que pode ocorrer dentro do Jardim Botânico ou em atividades de restauração e educação.
A coleção pode ser utilizada como material para pesquisa científica da flora, incluindo pesquisas laboratoriais nas áreas de genética, anatomia, taxonomia, fisiologia, educacionais, entre outras; atuar como material fonte para programas de arborização, paisagismo, restauração e enriquecimento da flora; e compor os programas de exposição e educação ambiental do Jardim Botânico. Por meio dessas estratégias o Jardim Botânico de Jundiaí tem contribuído para a conservação ex-situ das espécies desses domínios ameaçados, assim como com a restauração e enriquecimento da flora regional.