O viveiro de mudas do Jardim Botânico de Jundiaí-JBJ foi criado a fim de atender o Quesito III da Resolução CONAMA nº 339/2003, que dispõe sobre a criação, normatização e o funcionamento dos jardins botânicos, e dá outras providências. O Quesito III desta resolução tem como diretriz a necessidade dos jardins botânicos de manterem áreas de produção de mudas, preferencialmente de espécies nativas da flora.
O viveiro do JBJ cultiva plantas de diferentes espécies, coletadas em Jundiaí e região. Esta atividade só foi possível graças a criação de uma equipe técnica que realiza coletas de sementes e propágulos frequentemente para reprodução vegetal. Estas mudas são utilizadas para compor coleções de plantas do próprio jardim e para plantios em áreas públicas do Município de Jundiaí.
O comércio e doação de mudas não é permitido no Jardim Botânico de Jundiaí. Em ocasiões especiais podem ser realizadas permutas com outras Instituições parceiras.